El complejo arquitectónico colonial esta compuesto por la iglesia y el convento de San Francisco y las capillas de El Milagro y La Soledad. Destacan sus claustros y patios decorados con azulejos sevillanos y su espectacular biblioteca. La basílica está construida sobre una red de galerías subterráneas o catacumbas que sirvieron como cementerio durante la Colonia.

El Convento de San Francisco reúne un tesoro artístico de gran valor, acumulado a lo largo de mas de cuatrocientos años de existencia. En la portería encontramos un espacioso salón que conserva un hermoso zócalo de azulejos sevillanos y en la sala de espera un oleo de San Buenaventura, obra de Angelino Medoro.

Subiendo por las escaleras podemos apreciar una inmersa cúpula de estilo mudejar que data del siglo XVII. Al entrar a la biblioteca uno se queda asombrado con la gran cantidad de libros con los que cuenta el convento siendo uno de los mas interesantes un diccionario que es el primero que edito la Real Academia. En el coro lo que llama la atención es el facistol giratorio, donde eran colocados los inmensos libros corales y la hermosa sillería de estilo barroco.

El claustro esta decorado de azulejos sevillanos de 1620 donde cada pieza muestra diferentes dibujos. Entramos a una pequeña sala donde destaca el anda de San Judas Tadeo y pasamos a la pinacoteca donde se conservan una colección de pinturas de Pedro Pablo Rubens.

La sacristía es un lugar donde se revestían los franciscanos para realizar las misas y liturgias en general, resaltando la cajonería trabajada en madera de cedro. Y llegamos a las catacumbas, llamadas así en alusión a las catacumbas romanas, sin embargo estas son realmente criptas, donde por costumbre colonial se enterraban al principio a benefactores y miembros del clero y luego a las personas de clases privilegiadas y populares, que perduro por mas de trescientos años.