En la epoca incaica el valle de Pozuzo estuvo habitado por pueblos indígenas (amajes) y nativos (amueshas o yaneshas). Con respecto a la presencia de la Cultura Inca, se ha encontrado restos de andenes que naturalmente indica un avance inca a la zona, en el lugar de Toropampa.

En la época colonial, el Padre Francisco de San José del Convento de Ocopa a fines del año 1711 llegó a Huanuco con la misión de restablecer las conversiones de los Panatahuas, luego se dirigió a Pozuzo en el año de 1712 para evangelizar la zona. En 1730 época de gran florecimiento de estas conversiones, Pozuzo estuvo reducido a dos pueblos: Asunción de Pozuzo (con 164 nativos al cuidado del padre Francisco Honorio Matos) y Nuestra Señora del Carmen de Tillingo (con 100 nativos al cuidado pastoral del padre Francisco José Arévalo). En 1742 Juan Santos Atahualpa en el Gran Pajonal se rebeló contra el poder español y quiso reconquistar el Imperio de los Incas, para tal fin buscó más aliados entre los indígenas y nativos de la Selva Central. Temerosos que el rebelde invadiera Pozuzo ya que se encontraba cerca de Huancabamba; el Gobernador de la frontera de Huánuco con el respaldo del Padre Presidente de las conversiones de Huánuco, en 1753 ordenaron el despoblamiento de los pueblos de Pozuzo, para luego ser llevados al Pueblo de San Antonio de Cuchero (sin embargo muchos nativos huyeron a los montes para luego volver a Pozuzo). Los pozucinos nativos que fueron llevados al pueblo de Cuchero no tuvieron un buen final, muchos se enfermaron, no tenían que comer ni cocales que comercializar y al poco tiempo murieron todos. Los Misioneros Franciscanos no tenían en mente aislarse totalmente de Pozuzo ni menos que el rebelde sometiera a los pocos nativos que se quedaron, por esa razón en el Pueblo de Santa Cruz de Muña fundaron un templo y así pudieron tener acceso y contacto rápido con Pozuzo.

Durante el establecimiento de nuestra vida Republicana, en muchas oportunidades se dieron leyes que propiciaron la inmigración extranjera al país; este proceso de inmigración tomó mayor fuerza en el Gobierno del General Ramón Castilla, al derogar en 1854 La Ley de la Esclavitud y prohibir el ingreso de asiáticos, a fin de alentar la inmigración europea. Los primeros colonos alemanes que llegaron al Perú lo hicieron en 1853 para establecerse en la zona de Tingo María, Tarapoto, Moyobamba y el Amazonas; pero el intento de colonizar la selva en esta oportunidad fracasó por falta de organización. El promotor para la llegada de campesinos y artesanos austro-alemanes al Pozuzo, fue el distinguido noble alemán Barón Cosme Damián Freiherr Schutz von Holzhausen, para este sano propósito el Barón tuvo la oportunidad de entrevistarse con el Señor Manuel Tirado Ministro de Relaciones Exteriores del Perú en representación del Presidente General Rufino Echenique, en dicha entrevista se vio la posibilidad de colonizar la selva con el objetivo de unir las costas del Pacífico con el Atlántico; encomendando al Barón para que busque una zona apropiada para esta colonización. El primer contrato que firmó el Barón fracasó a consecuencia que en 1854 se produjo una revolución liberal que destituyó al Presidente Echenique; por la crisis política y militar que vivía el país, el barón tuvo que firmar otro contrato el 6 de diciembre de 1855 con el nuevo Presidente el General Ramón Castilla. Según este nuevo contrato el Barón tenía el compromiso de introducir al país 10 mil colonos alemanes durante 6 años, por su parte el Gobierno del Perú ofrecía lo siguiente: Pagar los gastos de transporte de Europa hasta el Pozuzo, la construcción de un nuevo camino de Cerro de Pasco al Pozuzo, cada colono mayor de 15 años recibiría una gratificación de 15 pesos, la repartición de 140 leguas cuadradas de tierras vacantes entre los colonos para luego convertirse en legítimos propietarios, exento de todo impuesto y la manutención de los 6 primeros meses; también el Gobierno se encontraba en la obligación de brindar servicios básicos como sanidad, construcción de escuelas, iglesias y otros.

Después de varios meses de viajes por el Atlántico y luego por el Pacífico, los colonos llegaron el 25 de julio de 1857 al Puerto del Callao, donde el Barón con mucha preocupación los esperaba; lastimosamente hasta el momento el viaje había cobrado 07 muertos (05 niños y 02 adultos). Después de una cuarentena que sólo duró unos días, el 30 de julio se embarcaron a bordo del Barco “El Inca” y después de dos días de viaje llegaron a Huacho. Los colonos desde Huacho inician su largo, sacrificado y penoso viaje por tierra, primero cruzaron zonas costeras para luego atravesar picos y nevados de la cordillera de los Andes, el viaje duro varios días y cuando llegaron a Cerro de Pasco, a consecuencia del intenso frío, se enfermaron de “soroche”. Después de superar muchas dificultades los colonos decidieron continuar con el viaje rumbo a Acobamba, donde se terminaba el camino y a partir de ahí los mismos colonos tuvieron que construir su propio camino. Después de un intenso trabajo y sacrificio los colonos lograron avanzar de Acobamba a Santa Cruz y Pampa Hermosa. Desde Santa Cruz se inicia la ceja de selva y no había señales de camino, teniendo que establecerse en dicho lugar, construyendo viviendas rústicas, hicieron plantaciones, se criaron algunas aves de corral y otras provisiones. Lamentablemente el 28 de febrero de 1858 se produjo una avalancha de lodo y piedras que arrasó con la mayoría de las viviendas; Gaspar Egg gritaba ¡ Todos a la capilla!, ¡ todos a la capilla!, este suceso natural había provocado la muerte de 06 personas ( 03 adultos y 03 niños). Por esa razón en Santa Cruz existe un cementerio alemán. Todos estos incidentes propiciaron para que un grupo de 50 personas entre ellos el cronista Clemente Yäger y el Padre Luis Überlinger abandonaran el grupo. Por fin, el 25 de julio de 1859 día de San Jacobo, patrón de los peregrinos y de la colonización, llegaron a Pozuzo 170 personas (incluyendo a los que habían nacido en el viaje), porque muchos colonos que habían conocido Pozuzo en el primer viaje, también abandonaron. Ellos entendían que no sólo era llegar a Pozuzo, sino la existencia de una camino para no quedar abandonados ni aislados.

Hoy en día Pozuzo es una próspera y pequeña ciudad que mantiene muchas de las costumbres de origen europeo. Se vive con tranquilidad y paz, centrando sus actividades económicas en la agricultura, la ganadería y el turismo. Tiene dificultades de acceso ya que la carretera que llega desde Oxapampa no está asfaltada y en las épocas de lluvia de bloquea constantemente por los deslizamientos de lodo y piedras que caen al camino. Sin embargo, Pozuzo ha aprendido a ser un vivo testimonio de lo que puede llegar a ser una comunidad ecológica y sostenible por sí sola.