La casona que alberga el museo fue Kancha Inca en 1450, casa del conquistador Alonso Díaz en 1580, del conde de la Cabrera en 1850, y fue totalmente restaurada para ser el Museo de Arte Precolombino desde el 2003.

Reúne en sus 11 salas, 450 obras que datan desde 1250 a.c hasta 1532 d.c, las cuales fueron seleccionadas de un universo de 45 mil objetos pertenecientes a la colección del Museo Arqueológico de Larco de Lima.